Dès l'annonce par le chirurgien de l'éventualité de la confection d'une stomie, le stomathérapeute :
intervient pour compléter l'information,
débute l'accompagnement psychologique du malade et de son entourage,
à la demande du chirurgien et quelquefois avec lui, il procède au repérage sur l'abdomen du futur opéré du meilleur emplacement pour réaliser la stomie, permettant ainsi ultérieurement un appareillage aisé, fiable et confortable, que la personne pourra la plupart du temps réaliser elle-même après apprentissage.

Durant la période post opératoire immédiate, le stomathérapeute participe aux soins et à la surveillance réalisés par l'équipe soignante.

Dès que l'état de la personne stomisée le permet, débute la phase d'éducation aux soins avant la sortie :
complément d'information,
apprentissage des soins techniques,
choix de l'appareillage le mieux adapté à cette personne et cette stomie, en vue de la prescription de sortie,
accompagnement psychologique du malade et de l'entourage,
préparation à la sortie. Si la personne stomisée ne peut réaliser les soins elle-même, organisation de la prise en charge à domicile ou en maison de repos.

Un suivi au long cours en consultation externe permet d'assurer la surveillance, de répondre aux nouvelles questions suscitées par le retour à la vie quotidienne, de compléter l'éducation, de modifier l'appareillage si utile.